Las hipótesis existentes no explican el efecto de la perturbación del hábitat sobre la prevalencia y la carga de coccidios y la relación de dicha perturbación con la morfología de las aves y los niveles de infección parasitaria. En este estudio llevado a cabo en el Nevado de Toluca, probamos en Junco phaeonotus, una especie mexicana cuasi-endémica, la hipótesis que predice una menor densidad de aves en hábitats menos perturbados y, por lo tanto, valores más bajos de los estimadores de infección parasitaria y una mayor densidad de aves en granja/área de cultivo (área perturbada) y una mayor exposición a la infección por coccidios, que en un fragmento del bosque natural de abeto. Realizamos el muestreo de aves con redes de niebla desde agosto de 2018 hasta julio de 2019, de 7:00 a 19:00 horas durante un día de trabajo de campo, cumpliendo 24 horas de muestreo en cada evento en el campo. Cada ave capturada fue puesta en una bolsa de tela y anillada con el anillo del sistema BIRDS.MX. Estimamos el nivel de grasa corporal, la edad del ave, la longitud del ala y cola [mm]. Obtuvimos los siguientes resultados: 1. La densidad de aves fue mayor en área perturbada que en el bosque. 2. Los individuos de áreas perturbadas tenían colas más largas con respecto a las alas, mayores reservas de grasa, peor condición corporal y menor tasa de crecimiento de plumas en comparación con las aves del bosque. 3. Mostraron una mayor carga y prevalencia parasitaria por día que las aves de bosque fragmentado. 4. El riesgo de infección se asoció con una mayor actividad de las aves más que con factores abióticos. 5. Las aves del bosque presentaron una mejor tasa de supervivencia que las aves de granja/cultivo. 6. Las aves acumularon grasa corporal en respuesta a la presencia de coccidios más que en respuesta a factores abióticos. 7. Dado que casi no tuvimos recapturas recíprocas en ambos hábitats, sugerimos que existen diferentes (eco)tipos de J. phaeonotus: uno con individuos adaptados al bosque con alas y colas más cortas, mejor condición corporal en promedio, teniendo menos coccidios, y otro adaptado a tierras de cultivo con individuos de alas más largas, colas más largas, peor condición corporal y una mayor incidencia y carga de coccidios.