Históricamente, los agaves han tenido una gran importancia social, cultural, económica y ecológica en México. Pero hasta la fecha los estudios genéticos en los magueyes se han basado en un número reducido de marcadores genéticos, limitando así nuestros conocimientos sobre estas icónicas especies. En general se sabe que las especies silvestres de Agave presentan elevados niveles de variabilidad y baja diferenciación entre sus poblaciones. Esta baja diferenciación aparentemente se debe a elevados niveles de flujo genético, tal vez mediados por sus polinizadores, especialmente los murciélagos nectarívoros del género Leptonycteris. Una creciente combinación de presiones antropogénicas, tanto relacionadas con la destrucción del hábitat, como con la extracción de individuos silvestres para producir mezcal, y las mismas características biológicas y ecológicas de los agaves -- como son sus altos niveles de endemismo, distribuciones muy locales, reproducción monocárpica (= semélpara: se reproducen y se mueren) y largo ciclo de vida-- nos han incentivado para la implementación de metodologías de punta en estudios de conservación y manejo de estas especies. Todo esto es especialmente relevante dado que se ha observado que en las poblaciones de agave manejadas se puede reducir drásticamente la variación genética, especialmente si se siguen prácticas de propagación clonal. En esta plática vamos a presentar nuestros hallazgos recientes basados en miles de marcadores genómicos (SNPs, polimorfismos de nucleótido único) derivados de la metodología conocida como GBS (Genotyping by sequencing). Además de analizar la distribución de la variación genética dentro y entre poblaciones con diferentes tipos de manejo (silvestres, manejadas, cultivadas, etc.) estamos tratando de responder la pregunta fundamental de como la historia demográfica, junto con las características ecológicas propias de cada especie y los efectos antrópicos han afectado la variación genómica y conectividad poblacional de las agaves. En particular nos hemos centrando en algunas de las especies mezcaleras de mayor interés económico, como son Agave tequilana en Jalisco, A. potarorum en Oaxaca, A. marmorata en Oaxaca y Puebla y A. pacifica en Sonora. Además, vamos a presentar una discusión detallada de lo que se conoce hasta la fecha sobre la variación genética y la genómica de agave y las perspectivas y limitaciones de estas nuevas metodologías evolutivas a nivel genoma, tanto en el estudio de su variación genética y conservación, como en el entendimiento de la biología evolutiva, en particular su adaptación, especiación, filogenia y sistemática del género.