Las comunidades de peces que habitan los arrecifes coralinos han sido impactadas de muy diversas maneras (pesquerías, fragmentación, contaminación, entre otras), lo que ha ocasionado cambios estructurales y de función. En esta investigación se evaluaron las comunidades ícticas de tres zonas arrecifales del sur de Quintana Roo que pertenecen a Áreas Naturales Protegidas: el Parque Nacional Arrecifes de Xcalak (PNAX) y las Reservas de la Biósfera Banco Chinchorro (RBBCH) y Caribe Mexicano. En cada arrecife se muestrearon tres sitios y la metodología empleada fueron censos visuales de 50 m de largo por 2 m de ancho, en los cuales se registraron las abundancias, tallas y especies de todos los peces que se encontraban dentro de los transectos. Mediante un PERMANOVA se detectó que las comunidades de los tres arrecifes difieren significativamente, y mediante un análisis de NMDS, mostrando los grupos con significancia estadística extraídos de un análisis de similitud, se observó que la mayoría de los sitios del la RBBCH son los que presentan una estructura comunitaria con mayores diferencias, ya que allí es donde se registraron las más altas abundancias. Las especies que más contribuyeron en las diferencias entre la RBBCH y los otros dos arrecifes fueron Chromis cyanea, C. multilineata, Coryphopterus personatus y Gramma loreto. Los análisis de las biomasas de peces herbívoros (familias: Scaridae y Acanthuridae) y de importancia comercial (familias: Serranidae y Lutjanidae) también presentaron diferencias significativas utilizando un PERMANOVA. De nuevo la RBBCH fue el arrecife que mayores abundancias de las especies de estas familias presentó, lo que sugiere un mayor nivel de conservación. Dos especies contribuyeron con ≈ el 30% para la disimilitud entre la RBBCH y los otros dos arrecifes: Sparisoma viride y Lutjaus apodus. La RBBCH se encuentra alejada de la costa (30 km mar adentro), lo cual podría estar influyendo en sus mejores condiciones comunitarias, como se ha reportado con anterioridad.