El valle agrícola Autlán-El Grullo-Limón es uno de los principales motores económicos de la región, sin embargo, cada año los productores aumentan el uso plaguicida. Generando efectos nocivos que representan peligro para el ser humano y la fauna silvestre. Aquellos organismos que están expuestos constantemente a plaguicidas, pueden presentar problemas en su desarrollo, crecimiento, reproducción y sobrevivencia. Sin embargo, algunos productores emplean abonos organicos en sus cultivos con la intención de reducir el impacto y daño ambiental. Nuestro objetivo fue analizar la presencia y concentración de plaguicidas en fauna silvestre, tomando como especie indicadora a los roedores silvestre. se colectaron dentro del valle en dos tipos de producción agrícola: cultivo convencional (uso extensivo de agroquímicos) y alternativo (abonos orgánicos), como tratamiento control se capturaron roedores en selva baja. Se colectaron 120 individuos de 10 especies de tres familias, las especies con mayor número de capturas fueron: Heteromys pictus y Reithrodontomys fulvescens. Se colectó hígado y riñón para la extracción, identificación y cuantificación de plaguicidas, utilizando la técnica de lixiviación de plaguicidas en fase acuosa, extracción en fase sólida y cromatografía líquida acoplada a una espectrometría de masas. Se determinó la presencia de ocho plaguicidas, cuatro herbicidas (ametrina, atrazina, molinato y picloram), tres insecticidas (carbofuran, diazinon y malatión) y un funguicida (tiabendazol). El plaguicida con mayor concentración fue la herbicida atrazina con 11,759.2 μg kg-1, seguida por el insecticida malatión con 4,973.2 μg kg-1. Las concentraciones más altas de plaguicidas se detectaron en sitios de selva baja y cultivos convencionales, sin embargo, no se registraron diferencias significativas. La mayor presencia y concentración de plaguicidas se registró en temporada de lluvias, dónde el molinato tuvo una mayor concentración. En tejido de riñón se registró una concentración mayor de picloram. Los resultados permiten reconocer a los roedores como bioindicadores de contaminación ambiental, al indicar procesos de perturbación o disturbios en los hábitats por actividades antropogénicas, ya que la exposición aguda a plaguicidas, puede afectar negativamente su dinámica poblacional causando efectos nocivos, pueden alcanzar niveles superiores en las redes tróficas, debido a que estos compuestos son persistentes y se biomagnifican a través de los niveles superiores en las redes tróficas. El uso de hígado y riñón de roedores para el monitoreo de plaguicidas es un método invasivo, pero con gran certeza y confianza para evaluar el grado de exposición a plaguicidas, además, puede utilizarse para determinar sitios con problemas de contaminación.