La salinidad y sodicidad del suelo es común en zonas áridas y en valles agrícolas, donde el exceso de fertilización contribuye a su incremento. La salinidad y sodicidad afecta negativamente la función, el desarrollo y el rendimiento de las plantas cultivadas. El cultivo intensivo de chile (Capsicum spp.) se ha adaptado a una variedad de condiciones ambientales. El chile silvestre (Capsicum annuum var. Glabriusculum) es considerado el progenitor y pariente de las formas cultivadas modernas. Contiene una cantidad significativa de diversidad y variación genética, recursos que le han permitido adaptarse a la heterogeneidad del ambiente y colonizar el amplio rango de distribución geográfica actual. El chile silvestre en México según la región, se denomina “Chiltepín”, “Piquín”, “Amashito”, entre otros. Sin embargo, actualmente la destrucción del hábitat natural en que se reproduce se tiene el riesgo de la posible pérdida de este germoplasma en el país. De ahí la importancia de conocerlo y conservarlo. El objetivo de la presente investigación fue analizar la variación en 6 poblaciones (Mazocahui y Presa Oviachic de Sonora, Yecorato, Lo de vega, Cosalá y El Roble de Sinaloa) de chiles silvestre a la tolerancia de NaCl (tres tratamientos 0, 25 y 50 mmol l-1), basados en el índice de disminución relativa de la biomasa vegetal total, biomas de la raíz y área foliar. De manera general, la mayor reducción promedio de biomasa total, biomasa de raíz y área foliar se presentó con 50 mmol de NaCl (29, 38 y 30 % respectivamente), mientras que con 25 mmol fue de (11, 11, y 10 % respectivamente). Por población, en el nivel 50 mmol Roble y Cósala mostraron mayor tolerancia en biomasa total (19 y 25 % respectivamente) mientras que Presa Oviachic fue mejor en biomasa de raíz (29 %) y Cósala en área foliar (11 %). Mientras que la más afectada fue Mazocahui con 68, 69 y 72 % en los caracteres de biomasa total, biomasa raíz y área foliar. Las poblaciones se diferenciaron con las características evaluadas. Las más tolerantes fueron Mazocahui, Roble y Cósala. Las poblaciones silvestres de chile tienen una gran variación genética y son un recurso genético valioso que debe conservarse y utilizarse en los programas de mejoramiento.