Los paisajes modificados, como consecuencia de la pérdida y fragmentación del hábitat, imponen diferentes niveles de resistencia, que pueden impedir o promover el movimiento de los individuos. El grado en que el paisaje facilita o restringe el movimiento de los organismos se denomina conectividad funcional. El bosque tropical caducifolio (BTC) es un ecosistema bajo uno de los índices más altos de deforestación y transformación, lo que puede afectar el movimiento de las especies que lo habitan. A una escala de paisaje (aproximadamente 4.700 km2), evaluamos la diversidad y estructura genética de Agalychnis dacnicolor, una rana arborícola altamente asociada al BTC, y el efecto de los elementos naturales y antropogénicos sobre su conectividad funcional. Colectamos muestras de 96 individuos de ocho sitios ubicados en áreas fragmentadas de BTC y de ocho sitios ubicados en bosque maduro continuo dentro de la región de Chamela Cuixmala en Jalisco, México. Se obtuvieron 41,236 polimorfismos de nucleótido único (SNP) usando RADseq para las muestras colectadas. Los individuos de los sitios de muestreo situados dentro del bosque fragmentado mostraron menor diversidad genética en comparación con los individuos del bosque continuo. Los individuos de las 16 localidades se diferenciaron en tres grupos genéticos con flujo genético moderado entre ellos. Siete sitios de muestreo dentro del bosque continuo, incluida la Reserva de la Biosfera Chamela-Cuixmala, formaron un grupo genético. El segundo grupo genético estuvo constituido por individuos de los sitios de muestreo ubicados principalmente dentro del bosque fragmentado. Y el tercer grupo genético estuvo constituido por un solo sitio de muestreo ubicado al sur del sitio de estudio en un área altamente fragmentada. El flujo de genes fue mayor desde el grupo genético ubicado en el bosque fragmentado hacia el grupo genético del bosque continuo. Las variables de paisaje que mejor explicaron la distancia genética en A. dacnicolor fueron la distancia geográfica, BTC + bosque perenne y la elevación. Mientras que la distancia geográfica y la elevación impiden la conectividad funcional, TDF + bosque siempre verde la promueven. Mantener la conectividad entre los parches de hábitat y los grupos genéticos es muy importante debido a la alarmante pérdida y transformación de este ecosistema amenazado. Los resultados de este estudio tienen implicaciones importantes para la conservación de A. dacnicolor y especies similares, así como para la conservación del bosque mismo.