Las comunidades microbianas asociadas a la rizósfera de las plantas tienen funciones importantes para el crecimiento y la salud de sus hospederos. La estructura y diversidad de dichas comunidades está influenciada por diversos factores, entre ellos la incidencia de microorganismos fitopatógenos. Estos fitopatógenos, al infectar las plantas y desencadenar respuestas de defensa, modifican los microbiomas rizosféricos y las funciones que éstos desempeñan, provocando alteraciones en la productividad vegetal e incluso en algunos servicios ecosistémicos. Considerando la importancia del aguacate (Persea americana Mill.) para México, es importante conocer el impacto que tienen las enfermedades asociadas al cultivo sobre su microbioma rizosférico. Nuestro objetivo fue determinar la influencia de la infección por el hongo Fusarium kuroshium y el oomiceto Phytophthora cinnamomi sobre los microbiomas rizosféricos del aguacate. Colectamos muestras de suelo rizosférico de árboles asintomáticos y con síntomas de marchitez por F. kuroshium y por P. cinnamomi en huertas de Escondido, California, y Huatusco, Veracruz, respectivamente. Mediante la secuenciación de amplicones del gen 16S rADN y de la región ITS en plataformas de Illumina, y del análisis bioinformático de las secuencias generadas en la plataforma QIIME2, encontramos que cada fitopatógeno afectaba el microbioma rizosférico de distinta manera. F. kuroshium indujo una reducción en la diversidad de la comunidad microbiana rizosférica y cambios en su estructura; dichos cambios fueron principalmente ocasionados por OTUs (Unidades Taxonómicas Operacionales, por sus siglas en inglés) raros dentro de la comunidad. En contraste, P. cinnamomi no ocasionó cambios en la diversidad o estructura de la comunidad microbiana rizosférica, pero sí en su composición taxonómica, con una mayor abundancia de Proteobacteria y una menor abundancia relativa de Actinobacteria y Firmicutes en la rizósfera de árboles sintomáticos. La marchitez por Phytophthora también aumentó la abundancia relativa de hongos patógenos oportunistas en la rizósfera del aguacate. En ambos casos, los resultados obtenidos permitieron identificar potenciales agentes microbianos de biocontrol en la rizósfera de árboles árboles sintomáticos, probablemente reclutados por las plantas ante la infección. El análisis funcional de las comunidades microbianas rizosféricas nos permitirá determinar más precisamente las consecuencias de la disbiosis ocasionada por estas enfermedades sobre las interacciones ecológicas que forma el aguacate con su microbioma rizosférico.