La disminución de las poblaciones de abejas melíferas afecta negativamente el suministro de alimentos al ser humano debido a la polinización deficiente de importantes especies de cultivos. Ante la disminución de los polinizadores, el estudio de factores clave a nivel de paisaje, específicamente la disponibilidad de recursos florales y la intensificación agrícola proporcionan información importante que puede reflejar el estado nutricional y la salud de la colonia. En este estudio, utilizamos ADN metabarcoding para caracterizar la diversidad de la dieta y dos atributos clave del desarrollo de la colonia en Apis mellifera, la densidad de cría y la densidad de obreras, para analizar la dinámica poblacional de 330 colmenas establecidas a lo largo de un gradiente de uso de suelo agrícola en México. Aplicamos un marco de modelos mixtos aditivos generalizados (GAMM) para controlar la variación temporal del muestreo, la autocorrelación espacial y la no linealidad de las relaciones entre variables. Nuestros resultados muestran que la intensificación agrícola está directamente relacionada con reducciones en la riqueza de polen forrajeado por las abejas. Además, encontramos evidencia de reducciones en la proporción de obreras por cría (W:B ratio) y destacamos la importancia de la temperatura y estacionalidad en la condición física y el estado poblacional de colmenas comerciales. Nuestros resultados sugieren a la intensificación agrícola como un factor causal común que desencadena una serie de desequilibrios nutricionales y demográficos que hacen que las colonias de abejas melíferas sean más susceptibles a otros factores de riesgo.