Para producir mezcal, Agave cupreata es una de las especies más usadas en Michoacán. Es común el uso de insumos como fertilizantes inorgánicos y herbicidas para incrementar la productividad del cultivo. De forma general, los fertilizantes orgánicos y la vegetación asociada al cultivo elevan el contenido de carbono en el suelo, manteniendo la abundancia de bacterias benéficas y el crecimiento de las plantas. Se busca reducir o eliminar el uso de agroquímicos dañinos para el agroecosistema y para la salud del ser humano. Los objetivos de este estudio fueron comparar el efecto de las prácticas de manejo convencional con fertilizante inorgánico en Queréndaro Michoacán. Se aplicaron seis tratamientos, Triple16 (T), Glifosato (G), y combinado (GT), contra un manejo ecológico con fertilizantes orgánicos, humus (H), composta (C), y sin aplicación, solo práctica de control manual de malezas (CMM), similar a los tratamientos donde no se aplicó Glifosato, se evaluó el crecimiento y salud de las plantas, y la actividad bacteriana de la rizósfera. El estudio se analizó entre los 12 a 14 meses y las muestras de suelo de la rizósfera al final del experimento. Se registró un mayor incremento de diámetro (20cm) de las plantas expuestas a Glifosato fue mayor que las de CMM (13cm), se le atribuye a que en bajas dosis favorece el crecimiento, sin embargo, la supervivencia disminuye y se incrementa la incidencia de daño de picudo (Scyphophorus acupunctatus), no así, en los casos donde se trató con CMM y composta. Entre los fertilizantes, solo el humus tuvo diferencias significativas de menores tallas. La aplicación de G y T incrementaron la actividad de las enzimas polifenol oxidasa y leucina aminopeptidasa. Mientras que, el uso de composta y CMM aumentaron el contenido de carbono del suelo. Los phyla Actinobacteria, Proteobacteria y Acidobacteria comprendieron >60% de las muestras de la rizósfera. El aumento de la actividad de las enzimas involucradas en la obtención de nitrógeno y carbono en el manejo convencional. A pesar de las perturbaciones por la adición de insumos se mantiene la diversidad bacteriana, sin embargo, se refleja un cambio en la estructura de la comunidad bacteriana con la aplicación de agroquímicos. Se recomienda el uso de composta y mantener la vegetación asociada para incrementar la fertilidad del suelo y de bacterias asociadas al crecimiento y supervivencia de las plantas.