Los murciélagos son los mamíferos polinizadores más importantes, por lo que contribuyen a la salud del ecosistema, la producción de cultivos y la seguridad alimentaria al polinizar plantas de importancia ecológica y económica a lo largo de los trópicos. Sin embargo, se sabe poco sobre las posibles consecuencias de la disminución de las poblaciones de murciélagos polinizadores en las plantas y los ecosistemas. Esto es particularmente importante ya que los murciélagos están cada vez más amenazados en todo el mundo debido a las actividades antropogénicas, entre las cuales el cambio climático y el uso del suelo encabezan la lista. En este trabajo, analizamos cómo los patrones de co-ocurrencia entre polinizadores de murciélagos y 126 especies de plantas que polinizan pueden verse afectados por los cambios en el clima y el uso del suelo, bajo un escenario pesimista y uno optimista de cambio para el 2050. Para ello, ensamblamos una base de datos de ocurrencias tanto para murciélagos como plantas que ocurren en México. Así mismo recabamos información sobre rasgos funcionales en murciélagos que reflejaran  vulnerabilidad a la extinción, plasticidad ecológica, rasgos de historia de vida, dinámica de población y potencial de dispersión/colonización. Buscamos rasgos funcionales de plantas que pudieran reflejar respuestas ambientales, enfocándonos  en los rasgos fisiológicos (tipo de metabolismo) y morfológicos (forma de vida). Predecimos bajo el escenario pesimista de cambio que el 21% del territorio experimentará una pérdida de riqueza de especies de murciélagos, se prevé que las plantas con metabolismo C3 reduzcan su área de distribución en un 6.5%, y que las especies CAM aumenten su área potencial de distribución hasta un 1%, y que las plantas fanerofitas tendrán una reducción del 14% en su distribución. Se predice que las posibles interacciones entre murciélagos y plantas disminuirán de un promedio de 47.1 pares de murciélagos y plantas concurrentes en el presente a 34.1 en el escenario pesimista. Mostramos que un clima cambiante y cambios en el uso del suelo potencialmente causarán interrupciones en los patrones de co-ocurrencia de plantas y murciélagos polinizadores, y esto puede afectar sus posibles interacciones y su potencial para la polinización, y la prestación de este importante servicio ecosistémico. Nuestro estudio aumenta la comprensión de cómo los cambios antropogénicos pueden alterar las distribuciones y las interacciones entre taxa, y cómo esos efectos pueden depender de los rasgos funcionales de las especies.