El uso de la paleoecología para entender cómo se comportaban los organismos ante los cambios ambientales en el pasado, es clave para entender cómo podrían responder las comunidades bióticas al cambio de uso de suelo y el cambio climático futuro. Para ello se han realizado esfuerzos para reconstruir las condiciones climáticas durante el Pleistoceno-Holoceno, utilizando como proxis la presencia y abundancia de fósiles como el polen, ostrácodos y diatomeas. Recientemente se ha demostrado que los vertebrados pequeños funcionan bien como proxis paleoclimáticos. En el caso de las aves, estas no se han utilizado para reconstrucciones climáticas en el pasado debido a que se asume que no son buenos proxis por su capacidad de dispersión y su alta plasticidad fenotípica que les permite responder rápidamente a los cambios ambientales, a pesar de ser parte de las comunidades fósiles en los sitios paleontológicos. En la Cueva de San Josecito, Nuevo León, se cuenta con el registro fósil de 14 mamíferos pequeños, 10 aves y 10 reptiles de hace 34 942-46 557 años antes del Presente. Se generó un ensamble de modelos de nicho ecológico utilizando varios algoritmos y con un método de submuestreo con diez réplicas para estimar la favorabilidad climática de cada uno de los taxa y su distribución potencial geográfica actual, usando un conjunto de variables bioclimáticas después de filtrar las más colineales usando el factor de inflación de la varianza. Con el Método del Intervalo Ecogeográfico Mutuo se obtuvo el área de solapamiento para cada grupo de vertebrados, que contiene las condiciones climáticas óptimas para que se diera el ensamble de taxa en el pasado y con ello poder inferir el paleoclima de la Cueva de San Josecito. Para el Pleistoceno tardío en la Cueva de San Josecito se infiere un clima más cálido (+2.64°C) y con una menor precipitación (-79.175 mm) comparado con el Presente, lo cual concuerda con lo obtenido por otros proxis, indicando un periodo interglaciar en el sitio paleontológico, lo cual explicaría el ensamble de organismos que actualmente no se encuentran conviviendo en la región y en algunos casos no se encuentran en simpatría en la actualidad. Con este trabajo mostramos que la inclusión de las aves en el análisis de reconstrucciones paleoclimáticas permite tener una mejor inferencia paleoclimática en los sitios, a pesar de ser organismos con alta vagilidad, y también que estas especies resultan ser organismos claves dentro de cada comunidad biótica.