Agave salmiana es empleado para producir pulque, una bebida ancestral, que recientemente ha incrementado su consumo. El manejo de poblaciones silvestres y cultivadas de esta especie ha generado diversidad variedades locales, cuyo estudio de la diversidad morfológica de caracteres reproductivos y de viabilidad de las semillas es aun deficiente. El objetivo del presente trabajo es analizar la diversidad morfológica y viabilidad de semillas de plantas silvestres y cultivadas de Agave salmiana subsp. salmiana en Tlaxcala. Se analizó semillas de una planta silvestre y de cuatro variedades locales en dos sistemas de manejo: metemplantle y monocultivo. Se midió cuatro variables morfológicas a 200 semillas por planta. La diferencia entre estas se analizó con pruebas Kruskal Wallis, correlación de Pearson y Análisis de componentes principales. Para evaluar la viabilidad se utilizó la prueba topográfica de tetrazolio a 600 semillas por planta y una prueba de chi cuadrada para saber si existen diferencias significativas. Los resultados anteriores se asociaron mediante una correlación de Pearson. Se observó que las semillas de la planta silvestre y de metempantle tienen mayor variación morfológica que las provenientes de monocultivo. No se distinguen grupos diferenciados respecto a las variedades, pero sí existen diferencias significativas respecto al manejo, al encontrar que las semillas silvestres son diferentes a las semillas de metempantle y de monocultivo. La viabilidad fue significativamente diferente entre plantas, los porcentajes más altos de viabilidad se observaron en las variedades locales cultivadas, mayor en metempantles que en monocultivo. Existe fuerte correlación entre el peso y el espesor con viabilidad. Los resultados están posiblemente asociados a la domesticación. Se concluye que el manejo impacta en la diversidad y viabilidad de las semillas de agaves.