Magnolia mexicana (DC) G. Don (Sección Talauma, Subsección Talauma) conocida comúnmente como Yoloxóchitl, es un árbol perennifolio que puede alcanzar hasta 30 m de altura y un diámetro de 1.30 m. Presenta flores solitarias con numerosos estambres y un ovario súpero compuesto por carpelos colocados en disposición helicoidal las hojas son simples y dispuestas en espiral. El objetivo del presente estudio fue: Evaluar la variabilidad y estructura genética poblacional de M. mexicana en su área de distribución en México; mediante el uso de marcadores moleculares codominantes (SSR), propuestos por Veltjen et al. (2018). Se seleccionaron ocho poblaciones de Magnolia mexicana: El Cajón, Las Margaritas, La Tuza, Duraznillo en Puebla; Vista Hermosa, Chocamán, Zapotla en Veracruz y San Juan Yatzona en Oaxaca, se colectó tejido foliar del total de los individuos por poblacion que estuvieron presentes. Se realizó la extracción de DNA mediante el protocolo Cetilmetilamonio Bromuro, posteriormente se realizó la amplificación con 12 marcadores microsatélites desarrollados para Magnolias trópicales. Se estimaron parámetros de diversidad y estructura genética para las ocho poblaciones. Las poblaciones de M. mexicana estudiadas tienen en promedio 2.62 ± 0.29 alelos por locus (Na), un número efectivo de alelos por locus (Ne) de 2.227 ± 0.11 un índice de Shannon (I) de 0.773 ± 0.045, un promedio de heterocigosis observada (Ho) de 0.025 ± 0.007, promedio de heterocigosis esperada (He) de 0.463 ± 0.024 y un coeficiente de fijación promedio (Fis) de 0.941 ± 0.017. La estructura genética mostró que la mayor variación se encuentra entre individuos (Fit 72% (57, 129) = 0.963, p < 0.001) seguido de la variación entre poblaciones (Fst 23% (7, 129) = 0.247, p < 0.001). En ambos casos resulta significativa. Con base en el análisis de microsatélites, se observa la baja diversidad genética en la mayoría de las poblaciones y una alta diferenciación genética en las poblaciones de Chocomán y Zapotla de M. mexicana, lo que se explica principalmente por los cuellos de botella genéticos asociados a la fragmentación del hábitat, aislamiento geográfico, baja densidad de individuos y alto impacto de extracción de flores y frutos con semillas para el uso comestible y medicinal respectivamente, lo que reduce aún más la capacidad de regeneración de las poblaciones nativas.