La defaunación es una de las grandes amenazas que enfrenta la biodiversidad ya que causa una gran pérdida de especies animales y de las funciones ecológicas que éstas desempeñan. La deforestación y fragmentación del hábitat son de los principales factores asociados con la defaunación. Gran parte de la investigación sobre la defaunación se ha centrado en sus impactos a nivel de cambios en la riqueza de especies, en comparación, menos estudios se han centrado en los efectos a nivel funcional. El incluir el componente funcional puede permitir alcanzar un mejor entendimiento del impacto que la degradación del hábitat tiene sobre los procesos ecológicos. Analizamos cómo la deforestación y fragmentación de la selva en la región de Marqués de Comillas, Chiapas afecta la diversidad funcional de mamíferos terrestres y aves del sotobosque. Colocamos cinco cámaras-trampa en 18 unidades de paisaje de 1 km2 a lo largo de un gradiente de deforestación (0.8% a 100%) en temporada de lluvias y secas (30 días en cada una). Registramos un total de 27 especies de mamíferos y 49 de aves. Recopilamos una base de datos con los rasgos funcionales (masa corporal, dieta, conducta social, nivel trófico, tipo de hábitat y patrón de actividad) de esas especies a partir de fuentes bibliográficas. Calculamos índices del espacio funcional ocupado por las especies de la comunidad (FRic), la homogeneidad en la distribución de los grupos funcionales (FEve), la similitud funcional entre las especies dominantes de la comunidad (FDiv) y la distancia promedio de las especies de la comunidad al centroide en un espacio funcional (FDis). Encontramos que el índice FRic vario entre 0.065 y 5.441 en mamíferos y entre 0.05 y 12.232 en aves, el índice FEve vario entre 0.452 y 0.808 en mamíferos y entre 0.195 y 0.885 en aves, el índice FDiv vario entre 0.432 y 0.970 en mamíferos y entre 0.492 y 0.966 en aves, el índice FDis vario entre 0.889 y 2.235 en mamíferos y entre 0.065 y 2.233 en aves. Estos resultados indican la existencia de una variación importante en la diversidad funcional de la fauna de aves y mamíferos en la región. Actualmente nos encontramos analizando en qué medida esta variación se vincula con las características de la cobertura vegetal en las unidades del paisaje analizadas.