Los bosques tropicales están sufriendo altas tasas de deforestación debido al cambio de uso de suelo con fines agrícolas y ganaderos. Para evaluar la respuesta de los anfibios y reptiles a los paisajes modificados, nosotros evaluamos la diversidad, composición y atributos funcionales del ensamble de anfibios en paisajes agroforestales. El estudio se realizó en el estado de Chiapas México en la porción este de la Reserva de la Biosfera de Montes Azules en sitios de selva alta, bosques secundarios y pastizales como zona de cultivo y ganadero.  El sistema experimental comprendió 19 unidades de paisaje las cuales mimetizan el proceso creciente de deforestación de la selva madura a medida que avanza su conversión hacia campos agropecuarios (cada unidad fue 1x1 km que varío entre cerca de 0% a 100% de bosque).  En total se registraron 594 individuos pertenecientes a: i) anfibios con 15 especies y 196 individuos, ii) reptiles con 19 especies y 363 individuos, iii) serpientes con 11 especies y 33 individuos y iv) finalmente las tortugas con una especie y 2 individuos. Para evaluar la estructura, se utilizó la diversidad verdadera (números de Hill: qo, q1 y q2). Solo q1 (especies abundantes) y q2 (dominantes) de anfibios mostraron una relación con la cobertura de bosque secundario, alcanzando la mayor diversidad a 50% de cobertura y posteriormente la abundancia de las especies de anfibios decae. Para reptiles, se encontró una relación negativa de q2 (especies abundantes) con la cobertura de bosque, con el mayor número de especies dominantes (7.5 sp) en sitios con baja cobertura de bosque maduro. Hubo diferencias en la composición de especies entre los sitios con menor deforestación y los sitios de mayor deforestación. En relación a los atributos funcionales en los anfibios el tipo de reproducción de desarrollo directo, de hábitat terrestre y de tamaño mediano fue mayor en los sitios con mayor porcentaje de bosque y las especies que ponen huevos en el agua, de hábitat arbóreo y de tamaño grande fue mayor en sitios con mayor porcentaje de potrero. En los reptiles las especies insectívoras, arbóreas y de tamaño grande fueron más abundantes en los sitios con mayor porcentaje de bosque. Estos datos muestran que aunque la estructura de los ensambles de anfibios y reptiles no cambian en diversidad ni abundancia, sí lo hacen a nivel de la composición de especies y en los atributos funcionales.