El l8 de febrero de 2012, fue publicado en el Diario Oficial de la Federación, el decreto por el que se reforman el Artículo 4o. de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos en materia de derechos humano al agua y saneamiento y gestión equitativa y sustentable de los recursos hídricos. A raíz de esta modificación se da inicio a un Proyecto de Decreto por el que se expide la Ley General de Aguas pretendiendo así abroga la Ley de Aguas Nacionales, y se reforman y adicionan diversas disposiciones de la Ley General del Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente. Esta propuesta de Ley General de Aguas (LGA) fue el resultado de nueve años de trabajo y más de 200 foros de discusión avalado por 198 mil 129 ciudadanas y ciudadanos para ser dictaminada. El objetivo del presente estudio fue analizar los efectos que esta nueva propuesta tendrá sobre la conservación, rehabilitación y monitoreo de los ecosistemas acuáticos y su biodiversidad, así como determinar cuál es el marco jurídico que actualmente ampara estos ecosistemas.

Como resultado se determinó que la LGA en su propuesta dentro de sus 19 principios básicos que regirán toda actividad de los poderes públicos y gobernados en materia de aguas y cuencas, entre las que se mencionan la sustentabilidad, restauración, cuerpos de agua y ecosistemas saludables y justicia hídrica. También son especificados como ambientes especiales las zonas cársticas y cenotes antes nunca mencionados. Al mismo tiempo liga el derecho humano al agua con el derecho a un medio ambiente sano y conservación de los ecosistemas. También se propone que las autoridades educativas del país deberán establecer que en los planes y programas de estudio del Sistema Educativo Nacional se incluya cuidado y preservación de los ecosistemas asociados al agua. De igual modo, prevé acciones de capacitación, difusión y actualización de programas. Paralelamente la implementación de la norma de caudal ecológico (NMX-AA-159-SCFI-2012), aunado a la actualización  NOM-001-SEMARNAT-2021 que establece los límites permisibles de contaminantes en descargas de aguas residuales en cuerpos receptores propiedad de la nación , dan como resultado una ventana de oportunidades para implementar reglamentación dirigida a el uso de los bioindicadores, así como a nuevos programas a nivel nacional que brinden un nuevo panorama en el quehacer de la investigación en ecología fluvial en México.