Las micorrizas arbusculares (MA) representan una fracción importante de los suelos tropicales. Sin embargo, su diversidad es heterogénea y ligada directamente con la fenología de las comunidades vegetales y propiedades del suelo. La vegetación secundaria se origina después de perturbaciones antropogénicas e incidencias climáticas que producen cambios en la cobertura vegetal y comunidades del suelo. Estos ecosistemas resilientes son claves para la conservación de la biodiversidad y trabajos de bioprospección. El objetivo del estudio fue realizar una bioprospección de MA en suelos de vegetación secundaria derivada de selva baja caducifolia (SBC), para su inoculación en calabaza. El trabajo se realizó en el TECNM, Campus Conkal. Se seleccionaron cinco parches de vegetación secundaria derivada de SBC, registrando atributos bióticos heterogéneos entre sí y un manejo de entre 5-15 años de barbecho. La toma de muestras correspondió a la temporada de seca, colectando nueve muestras a 0-20 cm de profundidad por cada sitio de estudio. Para su caracterización se realizó una descripción fisicoquímica del suelo, empleando el método de fluorescencia de rayos X (µ-XRF) para su determinación mineral. Para la separación y extracción de esporas de MA se empleó el método de tamizado en húmedo y decantación en gradiente de sacarosa (60%), empleando el método de cuadrantes para su cuantificación. La identificación de esporas se realizó a nivel morfotipo según la Phylogeny and taxonomy of Glomeromycota. Se desarrollaron análisis de abundancia relativa (Ai%) y frecuencia de aislamiento (Fi). Los resultados nos muestran variaciones estadísticas en la descripción fisicoquímica del suelo en densidad aparente, porosidad, pH y CE, agrupándolos en suelos de textura Franco-limoso. Con respecto a la composición de la estructura de MA, se contabilizaron 557 (37.13±9) esporas en los cinco sitios de estudio. El morfotipo Glomaaceae fue considerado el más representativo (87.43%), seguido de Gigasporaceae (12.6%). En término de abundancia relativa, Glomaceae fue más abundante (6.32±1,51) y frecuente (100%) en el estudio. La relación con los parámetros del suelo presentó un efecto de correlación positiva. No obstante, solo fue significativa en materia orgánica (p≤0.02) en Glomaceae y Potasio (p≤0.02) para Gigasporaceae. En conclusión, el comportamiento observado en el estudio nos señala una correlación positiva e inversa con los parámetros del suelo en relación a su incidencia y estructura, permitiendo implementar a los MA como un prometedor inoculo para la producción de calabaza.