Los ríos que desembocan en la vertiente del Pacífico en Chiapas son libres y de respuesta rápida. Algunos con parteaguas a más de 2500 msnm, al descender en pocos kilómetros a la costa éstos se desbordan, cumpliendo con la teoría de los pulsos de inundación. Éstos, a pesar de tener un caudal ecológico no alterado si muestran alteración en su dinámica de dispersión de sedimentos, por rectificación y canalización con el argumento de protección ante huracanes ej. Stan. Las obras que han modificado su funcionamiento tienen el objetivo de disminuir inundación en las ciudades y socioecosistemas. En pocas décadas estas alteraciones han ocasionado subsidencia, acarreo excesivo de sedimentos, asolvamiento de lagunas, periodos de escases de agua, intrusión salina, mayor riesgo por desbordamiento del exceso de sedimento. Causando un efecto de mayor riesgo que de protección a las ciudades costeras.

A través de perfiles de microtopografía, vegetación,  evaluación de RQI y de parámetros fisicoquímicos se han evaluado los ríos Margaritas y Cacaluta. Para los ríos Vado Ancho, Cintalapa, Cacaluta y San Nicólas se ha comparado su modificación entre 1970 y en la actualidad. Y para los ríos Suchiate, .Huixtla, Despoblado, Novillero y Coatán se han generado mapas de clasificación de humedales y sus amenazas, identificando la ubicación de la zona urbanas con respecto al río.

Los diferentes grados de alteración de los ríos, hacen que las ciudades que se ubican colindantes sean vulnerables. Sin embargo, éstas crecen sin una planificación, aumentando el riesgo para la población, ya que los ríos están disminuidos en su capacidad de regularse. Además, de que la cantidad de dinero que se requiere cada año para fortalecer los bordos y atender emergencias es mayor.

Se requiere un diagnóstico integral del funcionamiento de los ríos para identificar las medidas de manejo, rehabilitación y restauración funcional para aumentar su resiliencia y que puedan seguir funcionado como amortiguadores de inundaciones y no como riesgo a desastres.