Los hongos saprobios (HS) participan en la mineralización de nutrientes y los micorrízicos arbusculares (HMA) favorecen su absorción en las plantas, así ambos son esenciales particularmente en ecosistemas oligotróficos, en donde se desconoce su biomasa y factores que la determinan. Los ácidos grasos derivados de fosfolípidos (PLFA) permiten distinguir entre HS y HMA, el 18:2w6,9c domina en HS y los 16:1w5c y 18:1w9c en HMA. Este trabajo estimó, con PFLA, la biomasa de HMA y HS en suelo asociado a la gipsovaga Prosopis glandulosa var. torreyana en las dunas de yeso de Cuatro Ciénegas, Coahuila, México. El suelo se recolectó de 10 individuos (profundidad 20 cm), 5 localizados en la orilla y otros 5 en el centro de las dunas durante las estaciones de secas y lluvias. Además, se determinó la concentración de yeso, pH, humedad, MOS, NH4, NO3 y PO4. En la orilla de las dunas las biomasas de HMA y HS fueron mayores en secas que en lluvias (HMA: 132 vs 5.7 nmol g-1; HS: 206 vs 2.1 nmol g-1); mientras que, en el centro de las dunas, las biomasas de HMA y HS fueron menores (6.2-2.6 nmol g-1; HS 2.9 vs 0.89 nmol g-1) y no variaron entre estaciones. En secas, el centro de las dunas con mayor concentración de yeso (93.2%), presentó más biomasa de HMA relativa a la biomasa de HS; mientras que, en la orilla de la duna con menos yeso (75.4%) y más MOS (0.91%), este patrón fue inverso. La concentración de yeso explicó negativamente la biomasa de HS en secas y lluvias (r2= -0.69, p=0.002), pero no afectó la biomasa de HMA en ambas estaciones (r2= -0.29, p=0.101). El suelo en la orilla de las dunas, particularmente en lluvias, tuvo un pH menos básico y más humedad, pero registró en ambas estaciones, más MOS, NH4, NO3 y PO4 que el centro de las dunas, aunque sólo la humedad y las formas disponibles de N correlacionaron positivamente con la biomasa de HS y HMA en la estación seca. Se concluye que: i) La biomasa de HS se favorece con la disminución del yeso y la acumulación de MOS; sin embargo, la biomasa de HMA podría estar regulada por la disponibilidad del N y P; ii) La estacionalidad de la lluvia también afecta la biomasa de ambos grupos fúngicos a través de regular la MOS, la disponibilidad de humedad y nutrientes del suelo.