Uno de los principales retos actuales es conciliar la creciente demanda de productos agrícolas con la conservación de la biodiversidad y el mantenimiento de servicios ecosistémicos. Algunas prácticas agrícolas contribuyen a estos objetivos, sin embargo, los sistemas de producción agrícola pueden tener un impacto muy variable sobre la biodiversidad y la resiliencia de los ecosistemas nativos. El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto del disturbio asociado a diferentes usos agrícolas del suelo sobre la resiliencia de bosques secundarios. Para ello, se establecieron parcelas de 10x10 m ubicadas en cultivos de maíz, cacao y pastizal recién abandonados, de las cuales tres estuvieron cerca de un remanente de bosque y tres al menos a 100 m de distancia. Se colocaron también tres parcelas en claros de selva y sitios de selva madura dentro de la Reserva de la Biosfera de Montes Azules. Para determinar el nivel de disturbio generado por cada práctica agrícola se realizaron entrevistas semiestructuradas a ejidatarios de Chajul, Loma Bonita y Playón de la Gloría. Con las entrevistas se caracterizó la duración, extensión e intensidad de las prácticas de manejo y dichos componentes fueron integrados en un Índice de Disturbio Ecológico (EDI). Además, en las parcelas se monitoreó la dinámica de la vegetación leñosa por un periodo de tres años y se realizó un experimento para determinar la disponibilidad del banco y lluvia de semillas. El EDI fue un indicador confiable para predecir la velocidad de recuperación de algunos atributos estructurales de la comunidad leñosa regenerativa tanto a una escala local como de paisaje. Los resultados mostraron que los agroecosistemas estudiados presentan niveles de disturbio ecológico contrastantes. Por un lado, los sistemas agroforestales generalmente presentaron niveles de disturbio bajos que permiten la rápida recuperación de la vegetación leñosa en el corto plazo. En contraste, en los pastizales y cultivos de palma, con grandes extensiones, larga duración y alta severidad del manejo, el potencial regenerativo disminuyó rápidamente. La distancia a los remanentes forestales redujo el potencial de regeneración, disminuyendo la disponibilidad de propágulos en las parcelas alejadas. Los resultados permitieron detectar usos de suelo que favorecen el potencial de regeneración en los agropaisajes y promueven el mantenimiento de la diversidad en bosques secundarios. Así mismo, se resalta la importancia de conservar remanentes de selva con el fin de mantener procesos ecológicos importantes para la regeneración natural y sucesión ecológica (e.g. dispersión de semillas) en paisajes humanamente modificados.