La defaunación es el proceso progresivo y críptico de disminución poblacional o pérdida de especies animales de mayor tamaño corporal. Este fenómeno no solo representa uno de los mayores cambios sobre la biodiversidad, sino que además actúa directamente sobre el funcionamiento de los ecosistemas y sus servicios a través de la disrupción de las interacciones tróficas. Aquí, evaluamos el efecto de la defaunación sobre la estructura y la función en redes de interacción frugívoro-planta en dos localidades del norte de Colombia. Para esto utilizamos un modelo de simulación de extinción de especies bajo tres diferentes escenarios. El primero elimina a las especies en orden de su tamaño corporal, de acuerdo con el efecto progresivo de pérdida no aleatoria de especies (defaunación); el segundo elimina a las especies según su importancia en la estructura de la red; y finalmente, en el tercer escenario se eliminan a las especies según su potencialidad como dispersor de semillas. A partir de estas simulaciones, evaluamos el efecto de la pérdida de especies sobre los patrones estructurales de las redes (anidamiento y modularidad) y sobre la diversidad funcional de la comunidad de frugívoros en cada localidad, a través de los índices de riqueza y equitatividad funcional. La defaunación aumentó los valores de anidamiento y no tuvo efecto sobre la modularidad; mientras que, bajo el escenario de importancia en la estructura de la red ambos patrones se vieron afectados. De igual forma, la riqueza funcional disminuyó en los primeros pasos de extinción por defaunación y por potencialidad del dispersor, mientras que la equitatividad funcional no sufrió alteraciones significativas bajo ningún escenario. Estos resultados sugieren que los patrones estructurales de las redes de interacción son resistentes, en cierta medida, al proceso de defaunación; sin embargo, la capacidad funcional de las comunidades puede verse afectada por la pérdida de los frugívoros de mayor tamaño corporal, con consecuencias negativas para el mantenimiento de los procesos ecológicos relacionados con la dispersión de semillas.