Las lagunas costeras y la vegetación asociada a ellas son de gran importancia para la biodiversidad de aves y su vinculación con la funcionalidad ecosistémica. Las aves que habitan las lagunas costeras se vinculan con funciones ecológicas esenciales, como la regulación poblacional de fauna acuática y el transporte de nutrientes. Desafortunadamente la vegetación natural, particularmente el manglar, está sometido a un gran impacto por las actividades humanas, lo que represetnta una severa amenaza para la conservación de su biodiversidad y su vinculación con los procesos de funcionalidad ecosistémica. El objetivo de este trabajo fue evaluar la relación entre las riquezas taxonómica y funcional de la diversidad de aves con la cobertura de hábitat natural y antropizado en la costa del Pacífico sur mexicano. Para caracterizar la biodiversidad de aves utilizamos datos observacionales del proyecto HJ006 de CONABIO (Aves Acuáticas y Marinas de las Costas de Colima, Guerrero y Oaxaca), provenientes de lagunas costeras distribuidas en la costa de Colima, Guerrero y Oaxaca. Consideramos 93 especies de aves acuáticas, para las cuales construimos una matriz con 20 rasgos funcionales. Calculamos modelos lineales para evaluar la respuesta de la riqueza taxonómica observada y el índice de riqueza funcional (Frich) usando como variables predictivas el área total, el área de siete tipos de vegetación y uso de suelo (área urbana, agricultura, manglar, selva baja, selva mediana, vegetación acuática y sin vegetación), y heterogeneidad del hábitat determinada mediante índices de Shannon. Nuestros resultados sugieren que el área total y la heterogeneidad fueron los factores que mejor explican la riqueza taxonómica y funcional de las comunidades de aves. No obstante, al contrario del área total, la heterogeneidad tuvo un efecto negativo en las comunidades, pues involucra coberturas de hábitat tanto naturales como antropizadas. Esta relación con el número de coberturas sugiere que el índice de Shannon es una aproximación efectiva para determinar el grado de fragmentación en zonas perturbadas. Nuestros resultados además sugieren que mantener la biodiversidad y funcionalidad ecosistémica en zonas costeras depende de conservar grandes extensiones de hábitat, así como su cobertura de manglar y la complejidad ecológica del hábitat nativo.