Dentro de las modificaciones del paisaje se pueden observar procesos como los cambios de la cobertura de la vegetación y el uso del suelo. Recientemente estos cambios son cada vez más pronunciados debido a procesos como la expanción de la mancha urbana, cambios en las prácticas agrícolas y la deforestación. Estas transformaciones afectan los ciclos hidrológicos y biogeoquímicos, así como los servicios ambientales que brindan los sistemas ecológicos. En la microcuenca del río Naolinco se han identificado diferentes problemáticas ambientales referentes a la disponibilidad del recurso hídrico, como la contaminación de afluentes por la erosión del suelo, y descargas residuales municipales y de microindustrias, así como una reducción del nivel de afluentes. Durante el 2019 hubo una sequía extrema que alertó a los habitantes de la región. Dado que los cambios de la cubierta vegetal (correspondiente al bosque mesófilo de montaña) y el uso de suelo como resultado de las actividades humanas, alteran los procesos hidrológicos, se espera que la disponibilidad del recurso hídrico se encuentre disminuida en los últimos 25 años. Con el objetivo de evaluar los impactos del cambio de uso de suelo en la disponibilidad de agua, se calculó el balance hídrico de dicha cuenca en los años 1995 y 2020, se evaluó la relación entre entre los cambios de la cobertura de suelo y el balance hídrico y se determinaron las disponibilidades hídricas. Se utilizó la herramienta SWAT (Soil and Water Assessment Tool), para simular el ciclo hidrológico durante los años de 1995 y 2020 tomando en cuenta cambios en el uso de suelo. Se reportan las diferencias en los balances hídricos, con una disminución de la disponibilidad hídrica para el año 2020 al compararlo con el año 1995. Lo anterior permite hacer una planeación de las medidas que mitiguen el cambio de uso de suelo y por ende la disminución de la cobertura vegetal que protege los ríos y arroyos en la microcuenca.