En la interfase entre los continentes y el océano los ecosistemas costeros cumplen con funciones particulares y proveen de diversos servicios ambientales. En México, por su cobertura, destacan los manglares seguidos por los pastos marinos. En los últimos años se ha realizado un gran e importante esfuerzo por mapear y cuantificar el almacén de carbono en los manglares, por otro lado, este esfuerzo no ha sido equitativo con los pastos marinos. Adicionalmente, a escala ecosistema dichos sistemas costeros albergan preguntas científicas importantes que resolver. Entre ellas, las relacionadas a los flujos de energía, agua y carbono, a diferencia de los ecosistemas terrestre en la zona costera los flujos horizontales influyen de alguna manera a los verticales. La técnica de covarianza de vórtices (EC, por sus siglas en inglés Eddy Covariante), es ampliamente utilizada para estudiar el intercambio de materia y energía entre la superficie de la Tierra y la atmósfera, y su aplicación en sistemas costeros va en aumento. Sin embargo, se necesitan mediciones adicionales como el transporte lateral para discernir el ciclo del C en su totalidad, o en el caso de interacciones con la atmósfera el flujo adjetivo. En este trabajo presentamos los avances en la aplicación de EC en sistemas costeros de México. La mayoría de los sitios estudiados son manglares, con mayor interés en los ubicados en el Golfo de California (GC). Por otro lado, en la península de Yucatán se ha estudiado en manglares flujos verticales y horizontales, aunque de forma independiente.  En cuanto a pastos marinos, son pocos los estudios realizados a nivel global con la técnica de EC, por lo que la contribución del observatorio del Estero El Soldado (GC) es muy significativa.  A la fecha se han colectado observaciones que ayudan a entender la magnitud de los flujos, los patrones estacionales, y las variables micrometeorológicas que los impactan, es crucial seguir con dichas mediciones para entender cambios a largo plazo.