Los anfibios albergan en su piel comunidades de microorganismos sumamente diversas. Estas comunidades, denominadas microbioma cutáneo, llegan a participar en funciones tan relevantes como la defensa ante patógenos. En México, muchas especies de anfibios han sido afectadas por enfermedades emergentes, pero se conoce poco acerca de la interacción de su microbioma con agentes patógenos y cómo se estructuran estas comunidades microbianas a través de distintos hábitats y especies de hospederos. En este trabajo tomamos como modelo un grupo de anfibios altamente diverso en el país, las salamandras pletodóntidas, las cuales han sido afectadas por el hongo patógeno Batrachochytrium dendrobatidis (Bd). Nuestros objetivos fueron, analizar la relación entre la microbiota ambiental con el microbioma cutáneo de especies de salamandras mexicanas; comparar la variación del microbioma a través de distintos hábitats y especies de hospederos e; investigar cómo se relaciona la infección por Bd con la diversidad del microbioma de estas especies. Caracterizamos el microbioma y realizamos detecciones de Bd en cuatro especies de salamandras simpátricas a través de remanentes de bosque de nuebla en el centro de Veracruz. Encontramos que el microbioma de estas salamandras difiere en patrones de diversidad alfa de la microbiota de ambiente, pero no en diversidad beta. A través de los tipos de hábitats caracterizados, las comunidades del microbioma difirieron en diversidad beta, sin embargo, la diversidad alfa se mantuvo constante, al igual que entre distintas especies de hospederos, excepto en una especie: Aquiloeurycea cafetalera. La presencia de Bd influyó en la composición, estructura y distancias filogenéticas de las comunidades del microbioma, pero no en riqueza y diversidad alfa. Adicionalmente, el 11% de los componentes del microbioma (36% de la abundancia total) se correlacionó con la intensidad de infección por Bd. Encontramos diferencias en las comunidades del microbioma por influencia del hábitat, la especie de hospedero y de la infección por Bd, mientras que la diversidad alfa no varió en relación con los factores mencionados. Concluimos que el hábitat y su microbiota tienen una relación estrecha con el microbioma de estas especies.