El café (Coffea arabica L.) es uno de los cultivos más importantes en México. Este se cultiva en 712,015 ha distribuidas en 12 estados. Las plantaciones de café están ubicadas en zonas prioritarias para la conservación de la biodiversidad, y en este agroecosistema predomina el café bajo sombra. Diversos estudios han contribuido con listados parciales de especies que habitan en el agroecosistema café en México. Actualmente no existe un trabajo que integre información sobre los estudios de diversidad biológica del agroecosistema café en México y del número de especies reportadas en este ecosistema. El objetivo fue evaluar la información disponible de la biodiversidad presente en el agroecosistema café en México. Los registros de  biodiversidad se obtuvieron a través de una revisión de literatura de acuerdo con la declaración PRISMA. La búsqueda sistemática se realizó en ScienceDirect, SpringerLink y Scopus. Para la búsqueda se utilizaron los términos “agroecosystem coffee” OR “coffee plantations” OR “Biodiversity coffee” y se establecieron criterios de inclusión y exclusión. Además, la revisión abarcó publicaciones hasta el año 2020. A partir de 813 artículos obtenidos, sólo 79 cumplieron con los criterios de inclusión. Los estados con estudios de diversidad en el agroecosistema café  fueron: Chiapas, Veracruz, Hidalgo, Guerrero, Puebla y Oaxaca.  Chiapas y Veracruz concentraron el 94 % de las publicaciones. El estado de Hidalgo agrupó el 3 % y el resto de los estados reúnen sólo el 1 %. No se encontró ninguna publicación en los estados de Colima, Guadalajara, Querétaro, Tabasco, San Luis Potosí, y Nayarit. Los grupos más estudiados fueron los insectos con 22 publicaciones, seguido de las plantas con 19 y los mamíferos con 10 publicaciones. Los reptiles, arácnidos y anfibios fueron los menos estudiados con dos, tres y siete publicaciones, respectivamente. La biodiversidad registrada consistió en 446 especies de insectos, 444 de plantas, 386 de hongos, 262 de aves, 133 arácnidos, 122 mamíferos, 38 de anfibios y 35 de reptiles. Chiapas es el que posee la mayor diversidad de aves (94) y mamíferos (79) reportados. Veracruz posee el mayor número de registros de especies de plantas (268), insectos (298), hongos (305) y anfibios (20). Hidalgo y Puebla poseen el mayor registro de especies de reptiles (20). Los resultados de esta revisión muestran el papel del agroecosistema café bajo sombra en la conservación de la biodiversidad.