Varios cultivos mesoamericanos constituyen complejos de especie silvestre a domesticado generados por múltiples eventos de domesticación inicial y flujo génico continuo entre cultivos, y entre éstos y sus parientes silvestres. Se ha sugerido que la domesticación del algodón, Gossypium hirsutum, comenzó en el noroeste de la península de Yucatán y posteriormente se difundió a otras regiones dentro y fuera de México. Probamos esta hipótesis mediante el ensamble de genomas de cloroplastos de 23 individuos silvestres, de variedades nativas y de variedades comerciales. El análisis filogenético mostró que la historia evolutiva del algodón en México involucra múltiples eventos de introgresión y de divergencia genética. Esto sugiere que las variedades locales mexicanas se generaron a partir de diferentes poblaciones silvestres, como sucede en otros cultivos mesoamericanos. Los resultados también muestran que la organización estructural y funcional del plastoma se conservan. Sin embargo, la diversidad genética disminuye como consecuencia de la domesticación (π=0,00020, 0,00016 y 0, de silvestres, variedades nativas y variedades comerciales, respectivamente). Identificamos regiones homólogas que diferencian a los individuos silvestres de los domesticados, y a su vez, indican relaciones entre las muestras. Dado que por primera vez se analiza la diversidad genética contenida en variedades nativas mexicanas de algodón, nuestros resultados son relevantes para la bioseguridad y la conservación de la agrobiodiversidad.