La domesticación agrícola es un proceso en el cual se modifican características vegetales, se ha encontrado que la defensa vegetal se ve reducida dando como resultado la alteración de las interacciones entre plantas y sus consumidores, mayormente artrópodos. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos de la domesticación de Stenocereus queretaroensis sobre las comunidades de artrópodos asociados, para ello, se realizó una colecta de artrópodos asociados a plantas de pitaya (Stenocereus queretaroensis) silvestres y cinco variedades sujetas a selección artificial intensa (Variedad mamey) y sujetas a selección incipiente (variedades: blanca, amarilla, morada y tenamaxte); para ello, se utilizaron trampas de caída (N=270) durante la época de floración de la planta. Así mismo, se evaluaron los niveles de herbivoría por variedades con el fin de comprobar la existencia de reducción de defensas en esta planta. Se colectaron 24,927 individuos, pertenecientes a 284 morfoespecies y 21 órdenes de artrópodos. Los parámetros comunitarios de riqueza y diversidad fueron mayores en cuatro de las cinco variedades (blanca, morada, tenamaxtle y mamey) en comparación a plantas silvestres. Además, se identificaron ordenes exclusivos de artrópodos asociados solo a la variedad blanca (Dermaptera, Mantodea y Scutigeromorpha) y a la variedad mamey (Archaeognatha). La herbivoría fue mayor en plantas silvestres en comparación a variedades domesticadas. Los resultados de este estudio muestran cambios en la comunidad de artrópodos que sugieren que en esta especie perenne no existe una reducción de defensas vegetales por domesticación, también, el ensamblaje de comunidades de artrópodos evidencia que las variedades fungen como reservorios de diversidad de artrópodos y muestran una diferenciación de comunidades de artrópodos asociados a plantas en un sistema agrícola, se sugiere que este efecto ha prevenido el desarrollo de plagas agrícolas en este sistema debido a una transición efectiva de artrópodos a variedades domesticadas lo que ha evitado la dominancia de especies potencialmente peligrosas para el cultivo.