Introducción: Los protozoos son organismos unicelulares, heterótrofos y un grupo dominante de la diversidad eucariota, en los últimos años se han utilizado como indicadores de la calidad del agua debido a que su diversidad y distribución está determinada por diversos factores bióticos y abióticos. La presencia/ausencia de los protozoos en sistemas de tratamiento de aguas residuales tiene una gran importancia para evaluar la calidad del agua resultante de este proceso y saber si cumple con las condiciones necesarias para el uso al que se va a destinar. Objetivo: Elaborar un registro de la comunidad de protozoos presentes en la planta de tratamiento de agua residual (PTAR) "Naucalli", municipio de Naucalpan, Estado de México. Métodos: Se realizaron dos muestreos en el PTAR "Naucalli", en época de sequía y lluvia. En el sistema se establecieron cuatro puntos de muestreo cubriendo las etapas representativas del proceso: afluente, reactor de lodos activados, clarificador del sistema y efluente de la planta. En cada punto se tomaron muestras de diferentes biotopos (agua y biopelículas). Las muestras obtenidas fueron transportadas al Laboratorio de Investigación en Patógenos Emergentes de la UIICSE, en la FES Iztacala, donde se observaron en fresco y fueron cultivadas mediante el procedimiento de De Jonckheere (1984), Finley (1988), Kudo (1977) y Page (1981). Los organismos fueron identificados morfológicamente mediante las claves taxonómicas de Pussard y Ponds (1977), Ogden y Hedley (1980) y Kumar y Dalby (1998). Resultados: Se identificaron 61 diferentes taxas de protozoos, distribuidas en 19 géneros de ciliados, cinco de flagelados, 13 de gimnamebas y seis géneros de amebas testadas. El biotopo con mayor riqueza de especies fue el agua. Conclusiones: Algunas especies de protozoos reportadas en este estudio son consideradas como especies indicadoras de sistemas polisaprobios y otros de sistemas mesosaprobios. La presencia de protozoos va disminuyendo conforme avanzan las etapas de proceso de la planta de tratamiento, lo que podría indicar que la planta cumple con la función de una mejor calidad del agua de acuerdo al uso destinado.