Las especies biológicas están ensambladas en comunidades donde diferentes fuerzas ecológicas actúan simultáneamente durante los procesos de estructuración a partir de un conjunto regional de especies. Con la aparición de los estudios filogenéticos es factible poner a prueba hipótesis que infieren las relaciones evolutivas de las especies que componen una comunidad y el papel de la competencia en el mantenimiento de la diversidad. Los colibríes (Aves: Trochilidae) constituyen un modelo biológico ideal para poner a prueba hipótesis sobre exclusión competitiva, estructura filogenética y composición de especies en comunidades biológicas. Este trabajo evaluó si la importancia de la competencia y del filtro ambiental como procesos estructuradores de las comunidades de colibríes en México dependen de las características de las barreras biogeográficas como la altitud, la ubicación geográfica y las características de la vegetación. Usando secuencias de ADN de un gen nuclear y tres genes mitocondriales de 107 especies de colibríes (48 de estas presentes en México), se construyó una hipótesis filogenética sobre la que se estimaron los índices de parentesco neto y del taxón más cercano para 205 comunidades de colibríes en el país. Asimismo, para la ubicación geográfica de cada comunidad se obtuvo información de 8 variables ambientales, la fracción de radiación activa fotosintética absorbida por la vegetación, el índice de área foliar y los espacios con vegetación continua. Los resultados mostraron que las comunidades que habitan localidades con alta estacionalidad, baja precipitación y poca cobertura vegetal están conformadas por pocas especies generalistas, cercanamente relacionadas y de reciente evolución; mientras que las comunidades de colibríes en ecosistemas más tropicales, ubicadas en lugares con mayor precipitación y cobertura vegetal, estuvieron compuestas por una mayor riqueza de especies, con distintos orígenes evolutivos y una mayor diversidad morfológica y ecológica. Sin embargo, la mayor cantidad de comunidades de colibríes en el país tienen estructuras filogenéticas aleatorias, donde la combinación de factores históricos y ecológicos, como la historia biogeográfica de la Zona de Transición Mexicana, la diversificación de los clados filogenéticos, las interacciones locales relacionadas con la competencia intra e interespecífica, y la repartición en el uso de los recursos de néctar, se combinan para permitir la coexistencia de comunidades altamente dinámicas espacial y temporalmente. Estos resultados muestran como combinar información proveniente de distintas escalas temporales y espaciales brinda una perspectiva prometedora para establecer los mecanismos que modelan la composición de las comunidades y la diversidad filogenética en áreas tan bióticamente complejas como México.