Las alteraciones en las abundancias de plántulas en selvas fragmentadas han sido históricamente atribuidas al tamaño y forma del fragmento. Sin embargo, la contribución de la vegetación arbórea y los factores de disturbios locales han sido ignorados. Evaluamos los efectos directos e indirectos de los componentes espaciales (tamaño y forma), estructurales (área basal y diversidad arbórea) y de disturbio (incendios y manejo ganadero) sobre la abundancia, diversidad y composición de plántulas en 16 fragmentos de la selva Lacandona, en México. Consideramos la abundancia tanto de toda la comunidad de plántulas, como por grupos funcionales (demandantes de luz/tolerantes a la sombra) y calculamos la diversidad α y β empleando tres índices de diversidad verdadera. Posteriormente, empleamos modelos múltiples (lineales y lineales generalizados) y de ecuaciones estructurales para analizar los efectos directos, indirectos y de cascada de componentes del fragmento sobre la diversidad de plántulas. Finalmente, empleamos un análisis canónico de correspondencia para evaluar la importancia relativa de los componentes del fragmento sobre la composición de plántulas. Encontramos que la abundancia de plántulas demandantes de luz estuvo afectada negativamente por baja área basal de la comunidad arbórea. A su vez, tanto la abundancia de plántulas demandantes de luz, como la forma del fragmento, fueron importantes para explicar la reducción en la abundancia de plántulas tolerantes a la sombra. La diversidad α no fue afectada significativamente por ninguna de las variables, mientras que la diversidad β de especies comunes y dominantes estuvo negativamente asociada con la abundancia de plántulas demandantes de luz. Asimismo, la composición de plántulas entre fragmentos fue explicada mayormente por el área basal, seguido por el disturbio asociado al manejo ganadero. Nuestros resultados sugieren que la reducción del área basal genera efectos en cascada que reducen tanto la abundancia de plántulas tolerantes a la sombra, como la composición y diversidad β de especies comunes y dominantes.