Para establecer acciones de adaptación y mitigación al cambio climático es necesario contar con un sistema de detección temprana de cambios en la función de los ecosistemas y esquemas de modelación que permitan pronósticos ecológicos, lo cual solo puede construirse al contar líneas base de información sobre el intercambio de metería y energía entre la biosfera y la geosfera, y con entendimiento de como la variables ambientales y biológicas regulan estos procesos. Un tema central de la eco-hidrología es comprender la interrelación del ciclo del carbono y del agua en los ecosistemas. Por lo tanto, desarrollar esquemas de monitoreo ecohidrológico ofrece una oportunidad importante para la implementación de soluciones climáticas naturales. El objetivo de este trabajo es resaltar la importancia de mediciones directas de amplia resolución temporal y espacial del intercambio de carbono y agua en los ecosistemas mexicanos para avanzar el conocimiento de la función ecosistémica en ambientes cambiantes. Los ecosistemas de México son altamente estacionales lo cual sugiere que procesos eco-hidrológicos son fundamentales. La red de observatorios de flujos ecosistémicos y de gases de efecto invernadero; MexFlux, mide el intercambio neto de carbono, agua y energía a escala del ecosistema con la técnica de covarianza de vórtices. Con esta información ha sido posible desarrollar líneas base para evaluar las relaciones funcionales entre estos flujos y las variables bioclimáticas que los controlan. En este contexto presentamos ejemplos de cómo las variaciones de flujos de Agua y CO2 de distintos ecosistemas estacionales del noroeste de México; matorrales, bosques secos, manglares y agro sistemas, son útiles para comprender la dinámica funcional es estos ecosistemas. Así mismo, hablaremos de las oportunidades que se vislumbran en el corto plazo para realizar pronósticos y escenarios futuros que guíen las acciones de la población y los gobiernos. Estos escenarios de cambio climático pueden representar una herramienta importante en la toma de decisiones relacionadas al manejo de los recursos naturales y la adaptabilidad al cambio climático.