Para lograr alcanzar cero emisiones netas de carbono se pueden implementar programas de mitigación como Soluciones Climáticas Naturales (SCN) a través de la restauración, conservación o mejora en la gestión de los territorios para aumentar el almacenamiento de carbono en ecosistemas. Esto requiere hacer un monitoreo de los balances de carbono y energía, así como la evaluación de procesos ecosistémicos, climáticos y ambientales que influyen en la dinámica del carbono. La técnica de eddy covariance (EC) es útil para medir flujos ecosistémicos de CO2 y de H2O entre la superficie terrestre y la atmosfera y así generar conocimiento fundamental poder diseñar e implementar SCN informadas con conocimiento científico. La técnica de EC ofrece una observación detallada (espacial y temporalmente) de los flujos ecosistémicos entre distintos tipos de superficies y la atmósfera, lo contribuye además a entender las retroalimentaciones de los ecosistemas al sistema climático. Con este trabajo buscamos presentar el pasado, presente y futuro de la Red de Flujos Ecosistémicos de México (MexFlux). El objetivo principal de MexFlux es coordinar esfuerzos para avanzar en las investigaciones de los flujos ecosistémicos y la dinámica que estos tienen en los ecosistemas mexicanos a causa de la variabilidad climática y la transformación ambiental (ej. cambio de uso de suelo y de paisaje) como factores de cambio ambiental global). La visión de la MexFlux es participar en la resolución de problemas ambientales nacionales, y pretende insertarse en iniciativas internacionales como FLUXNET, la cual es una red global para la medición de vapor de agua, CO2 y energía en ecosistemas terrestres que incorpora más de 500 estaciones de monitoreo. Con este trabajo, planteamos presentar la importancia, los retos y limitaciones del monitoreo de ecosistemas con la técnica de EC que forman MexFlux; así como las oportunidades MexFlux como una SCN para generar el conocimiento de los ecosistemas mexicanos y aportar información hacia un manejo sustentable de los territorios ante la variabilidad climática.