Las riberas de los ríos son ecosistemas esenciales que configuran el paisaje fluvial el territorio, funcionan como refugios de biodiversidad y brindan servicios ecosistémicos a los habitantes de las zonas rurales, peri-urbanas y urbanas de la cuenca. En los ríos de la región costa sur de Jalisco; la alteración morfológica de las riberas y la fragmentación ó pérdida de la vegetación ribereña son algunos de los mayores impactos derivados de las actividades antrópicas. El objetivo de este estudio es generar las bases de una estrategia de manejo integral de las zonas ribereñas en la cuenca del río Ayuquila-Armería, para conservar, proteger y restaurar la conectividad y funcionalidad de los corredores ribereños con participación social. Para evaluar los impactos hidromorfólogicos y ecológicos de las actividades antrópicas en tres microcuencas, se aplicó el índice de calidad de las riberas (índice RQI) y se monitoreo la calidad del agua (parámetros fisicoquímicos y bacterias coliformes) en trece tramos fluviales de 250 m de longitud, representativos de la zona alta, media y baja de los arroyos de estudio. Desde 2016, se realizan jornadas comunitarias de limpieza de basura de los cauces y riberas. Los resultados del índice RQI mostraron que las riberas con mayor alteración estructural y funcional pertenecen a la zona media y baja de los arroyos, cuyos cauces están conectados a campos agrícolas, áreas urbanas ó caminos. Los atributos de mayor alteración fueron la reducción de la anchura y fragmentación del corredor ripario, la pérdida de la riqueza de especies leñosas y la ausencia de regeneración natural. Se registró la presencia de bacterias coliformes fecales en el 80% de los tramos fluviales. La estrategia de manejo plantea cuatro líneas de acción: a) definición de zonas ribereñas (ZR) prioritarias para conservación, b) rehabilitación ó restauración de los tramos ribereños alterados, c) desarrollo de protocolos de manejo de ZR prioritarias para los municipios y otros actores relacionados con su gestión, d) identificación de mecanismos participativos de compensación para lograr acuerdos de restauración y conservación de las ZR. En el río Ayuquila se ha generado experiencia de restauración de los corredores de vegetación ribereña afectadas por la agricultura, con especies leñosas nativas de usos múltiples y con participación y respaldo de diversos actores regionales, pero aún persisten limitantes socioeconómicas y legales para escalar hacia la restauración de la conectividad de los paisajes ribereños y alcanzar la integridad funcional de las zonas ribereñas en la cuenca.