La milpa ha sido el sistema de cultivo históricamente predominante en México y gran parte de Mesoamérica. Sin embargo, el devenir histórico, demográfico y cultural del país y del mundo han traído modificaciones a la forma de producir maíz, y la milpa ha sido abandonada en muchos lugares. En épocas recientes, ante la crisis ambiental existente y la creciente inseguridad alimentaria, se ha gestado un creciente interés académico y de los agricultores para retomar los principios ecológicos de la milpa, buscando formas de producción más sustentables, que se adapten a las nuevas necesidades socioambientales del campo mexicano. El surgimiento y desarrollo de las culturas mesoamericanas cursó amalgamado desde su origen con la milpa, cuyos productos se constituyeron en la base de la alimentación familiar rural hasta hoy en día. Durante su desarrollo la milpa se conformó en un agroecosistema en el que han evolucionado interacciones ecológicas y socioecológicas que lo mantienen como un sistema eficiente e íntegro, y que estamos comenzando a entender con profundidad. Por ejemplo, la mayoría de los cultivos en la milpa dependen de asociaciones con microorganismos como las bacterias, los hongos micorrízicos arbusculares y los endófitos para la asimilación de nutrientes y la resistencia a varios estreses. La presencia de una alta diversidad de microorganismos en el suelo se cree que mejora el rendimiento de los cultivos, al facilitar y promover un mejor crecimiento, la resistencia a plagas y a cambios ambientales, particularmente en suelos pobres en nutrientes. Además, la presencia de cultivos y arvenses diversos, ricos en sustancias repelentes de plagas y/o con una floración que mantiene poblaciones constantes de insectos polinizadores y enemigos naturales de plagas en los cultivos, puede contribuir a mantener la integridad del agroecosistema y mejorar su producción. Las redes de semillas y herencia cultural de manejo, mantiene la diversidad genética de las plantas y la relación cultivos-riqueza cultural-seguridad alimentaria. Aún estamos empezando entender cómo las transformaciones históricas de estas relaciones han impactado en la sostenibilidad del agroecosistema y la salud de los humanos que dependen de él.